根据国家发改委测算，2013年，全部“营改增”试点地区企业将减轻负担约1200亿元。但部分企业有可能出现税负“不降反升”的情况，如现代运输业，现行营业税税率是3%，试点后将适用11%的增值税。运输企业可抵扣的项目少，除了油费、轮胎费用等可以抵扣之外，过路过桥费和人工工资等都不能抵扣。
    山东省政协经济委员会副主任、省地税局原局长宋文军表示，按照规定，自身有运输业务的物流企业，按交通运输业，适用11%的税率；自身没有运输业务的物流企业，包括仓储、货代等，按物流辅助业，适用6%的税率。为了减少费用的支出，交通运输企业可以转变经营方向，由运输业务转向仓储、货代等贸易方向。
    此外，“营改增”对于部分“大而全、小而全”企业改变经营模式是个很好的契机。建议这部分企业通过打通二三产业增值税抵扣链条，将一些研发、设计、营销等内部服务环节从主业剥离出来，成立单独的生产性服务企业，或是转为外包，使企业结构从“橄榄形”真正转变为“哑铃形”，产业层次从低端走向中高端，这样有利于降低税负，实现主业更聚集、辅业更专业。